九游-临qvofktype

　　这篇文章的主要思路为利用抗感亲本构建包含232个个体的F2群体，根据表型共构建混池6个，抗池3个，感池3个（作用等价于重复）。通过Hiseq2000，PE100测序策略进行测序分析，快速定位小麦抗病基因。

图1 文章流程图

　　由于小麦没有完整的基因组序列，本文SNP发掘除了九游利用NCBI里公布的56954个UniGene库作为参考之外，还利用已经发表的94177个基因模式UCW库。数据过滤后，通过与这两个库的比对，最后在双亲之间分别获得66426和52262个可能的SNP位点。下图2 a显示利用以上不同的库进行SNP calling之后，得到的SNP在小麦不同基因组上数目统计。利用SNP-index法对混池进行关联分析，在染色体1B上得到若干关联区域，其中一个区域在与Yr基因紧密连锁的标记R11附近，因此将该区域作为候选关联区域，结果如下图2 C所示。通过混池中抗感SNP之比＞6继续缩小关联区间，利用Wang et al.九游体育官网入口在2014年构建的遗传图谱对关联区域进行了九游体育中国官网验证结果如图2 b所示。通过以上种种不同标准，最终将关联区间锁定在1B染色体的短臂靠近着丝粒的区间内，该区间包含175个SNP。其中UniGene库中含有77个，UCW中有98个。

图2 BSR关联分析结果及验证

　　将得到的SNP反向验证后确定50个抗感池表达量之比最大的SNP，过滤掉冗余的15个SNP，亲本间无多态性的SNP7个，最终利用28个SNP设计标记构建关联区域的遗传图谱和QTL定位，最终将小麦抗条锈病基因Yr锁定在标记R5和R80.77cM区域，且在群体中得到了验证如图3 a和3 b所示。最后利用不同亲本来源但是携带Yr基因的亲本构建的DH系122个验证了R5和R11标记的有效性，同时得到小麦抗条锈病的单倍型为TGC，结果如图3 c所示。

图3 Yr基因QTL定位和单倍型分析

　　文章的创新之处：

　　1利用两个gene库进行SNP calling，加大了SNP检测数量和质量；2构建了抗感池各3个，作为重复的同时提高关联分析的准确度；3证明利用BSR快速定位复杂基因组物种性状的可行性。

　　文章后续研究方向：

　　继续精细定位Yr基因并克隆和功能验证。可利用的方法：利用R5，R11标记筛选群体中与Yr基因共分离到的株系与感病亲本回交得到子代后继续筛选交换单株，并对交换单株进行RNA-seq分析，结合本文的研究结果可期将Yr基因定位到候选基因水平。

　　参考：

　　Ramirezâ?Gonzalez R H, Segovia V, Bird N, et al. RNA ?Seq bulked segregant analysis enables the identification of high ?resolution genetic markers for breeding in hexaploid wheat[J]. Plant biotechnology journal